La baie de Kotor n'est pas un fjord, bien que les guides touristiques l'aient qualifiée ainsi pendant deux siècles. Il s'agit d'une ria, un canyon fluvial submergé, creusé par la rivière Bokelj avant que la mer ne monte pour le remplir.
Les voyageurs comparant les excursions d'une journée dans la baie de Kotor depuis Dubrovnik traversent une frontière vers un paysage façonné à parts égales par l'eau et le calcaire.
La vieille ville de Kotor, Stari grad, occupe le recoin le plus intérieur de la baie, coincée entre le rivage et le flanc quasi vertical du mont Lovćen. Venise a gouverné ici de 1420 à 1797, et les maçons de la république ont laissé leur empreinte sur les défenses : quelque 4,5 kilomètres de remparts grimpant jusqu'à la forteresse Saint-Jean, à environ 260 mètres au-dessus des toits de tuiles, atteints par 1350 marches. La cathédrale Saint-Tryphon, consacrée en 1166, conserve des reliques rapportées de Constantinople par un marchand de Kotor en 809. Ses deux tours sont de hauteurs inégales. Le tremblement de terre de 1667 a englouti les fonds qui auraient permis de les terminer.
De l'autre côté du rivage de la baie de Kotor se trouve Perast, un village de seize palais baroques et deux îlots. Notre-Dame des Rochers est artificielle, élevée au fil des siècles par des marins jetant des pierres après chaque retour sain et sauf ; le rituel, appelé fašinada, est toujours pratiqué chaque 22 juillet. Sveti Đorđe, l'îlot naturel voisin, abrite une abbaye bénédictine enregistrée en 1166.
L'UNESCO a inscrit la région en 1979 en tant que région naturelle et historico-culturelle de Kotor, quelques mois après qu'un séisme de magnitude 6,9 a aplati une grande partie de la côte monténégrine. La reconstruction a pris une décennie et a suivi les dessins survivants plutôt que le confort moderne, c'est pourquoi les ruelles de la vieille ville conservent encore leur largeur médiévale.
À l'entrée de la baie, le détroit de Verige se rétrécit à environ 340 mètres — assez étroit pour que les défenseurs y aient autrefois tendu des chaînes pour arrêter les galères. Chaque navire approchant de Kotor passe toujours par cette ouverture. Les visiteurs qui recherchent des billets pour une excursion d'une journée dans la baie de Kotor depuis Dubrovnik retracent, en fait, une route maritime vénitienne. Parmi les monuments côtiers du Monténégro, Boka Kotorska protège ses eaux comme elle l'a toujours fait : avec des murs, de la pierre et une montagne à son dos.
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